Повнотекстовий пошук
Пошуковий запит: (<.>A=Yesylevskyy S$<.>) |
Загальна кількість знайдених документів : 3
Представлено документи з 1 до 3
|
1. |
Yesylevskyy S. O. Conformational relaxations of human serum albumin studied by molecular dynamics simulations with pressure jumps [Електронний ресурс] / S. O. Yesylevskyy, T. O. Hushcha // Biopolymers and cell. - 2012. - Vol. 28, № 6. - С. 486-492. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/BPK_2012_28_6_12 Розроблено методику, яка дозволяє одержувати спектри конформаційних релаксацій сольватованого білка за методом нерівноважної молекулярної динаміки. Структурну релаксацію білка ініційовано різкою зміною тиску у процесі розрахунку в NPT-ансамблі. Проведено спектральну декомпозицію кривої зміни об'єму білка після стрибка тиску за методом максимальної ентропії. Одержано спектр релаксацій, який містить один компонент, що належить до чистої води, а також п'ять компонентів, віднесених до білка та його гідратної оболонки. Конформації всіх компонентів відповідають структурам, одержаним з застосуванням методів оптичної і акустичної спектроскопії. Розроблена методика надає змогу розраховувати спектри структурної релаксації сольватованих білків у діапазоні часу від ~0,1 пс до ~50 нс з однієї траєкторії, одержаної за методом нерівноважної молекулярної динаміки.
| 2. |
Yesylevskyy S. Comparison of empirical force fields for bacteriochlorophyll: an influence on hydration and long-time dynamics of bacterial photoreaction centers [Електронний ресурс] / S. Yesylevskyy, N. Berezetskaya, M. Olenchuk // Ukrainian journal of physics. - 2016. - Vol. 61, № 10. - С. 886-892. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/Ukjourph_2016_61_10_7 Вибір адекватного силового поля для фотосинтетичних кофакторів є основною передумовою проведення реалістичного моделювання бактеріальних і рослинних фотосинтетичних центрів. Порівняно 2 набори параметрів для бактеріохлорофілу у симуляціях за допомогою методу молекулярної динаміки довжиною 200 нс фотосинтетичного центру бактерії Rhodobacter Sphaeroіdes у мембранному оточенні. Показано, що найбільш популярний набір параметрів продукує артифакти у положеннях та орієнтаціях кофакторів. Також показано, що гідратація кофакторів може сильно змінюватися залежно від використаного силового поля. Надано рекомендації щодо подальшої розробки силових полів для фотосинтетичних кофакторів.
| 3. |
Yesylevskyy S. Comparison of empirical force fields for bacteriochlorophyll: an influence on hydration and long-time dynamics of bacterial photoreaction centers [Електронний ресурс] / S. Yesylevskyy, N. Berezetskaya, M. Olenchuk // Український фізичний журнал. - 2016. - Т. 61, № 10. - С. 892-898. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/UPhJ_2016_61_10_7 Вибір адекватного силового поля для фотосинтетичних кофакторів є основною передумовою проведення реалістичного моделювання бактеріальних і рослинних фотосинтетичних центрів. Порівняно 2 набори параметрів для бактеріохлорофілу у симуляціях за допомогою методу молекулярної динаміки довжиною 200 нс фотосинтетичного центру бактерії Rhodobacter Sphaeroіdes у мембранному оточенні. Показано, що найбільш популярний набір параметрів продукує артифакти у положеннях та орієнтаціях кофакторів. Також показано, що гідратація кофакторів може сильно змінюватися залежно від використаного силового поля. Надано рекомендації щодо подальшої розробки силових полів для фотосинтетичних кофакторів.
|
|
|